wine (und andere Progamme) legen .desktop-Dateien in ~/.local/share/applications an. Dort wird unter anderem bekanntgegeben, welche Dateitypen ein Programm öffnen kann. Sie stehen dann im "öffnen mit"-Dialog des Dateimanagers zur Auswahl. In Kombination mit wine erscheinen häufig unerwünschte Vorschläge, wie der ungeliebte Wine Internet Explorer. Die zugehörigen .desktop-Dateien können einfach gelöscht werden. Die Dateitypen werden anhand des MIME-Type angegeben. Die Datei mimeinfo.cache enthält die Informationen, welche Programme einen Dateityp öffnen können. Nach dem Hinzufügen oder Entfernen von .desktop-Dateien muss der mimeinfo.cache neu erstellt werden. Das erledigt

update-desktop-database -v ~/.local/share/applications

. Das hinzufügen von Dateizuordnungen durch wine kann auch insgesamt unterdrückt werden, indem man den winemenubuilder deaktivert.